Los objetivos generales de los proyectos interdisciplinarios son:

• Fomentar programa de monitoreo ambiental participativo, desarrollar información biológica y socioeconómica para la protección y manejo de los ecosistemas críticos.
• Involucrar a las comunidades locales de las áreas de ecosistemas críticos para que se apropien de la información de estudios biológicos y sociales, y para que participen en la protección y manejo de las áreas protegidas en sus zonas de influencia a través de la educación ambiental.
• Obtener apoyo nacional e internacional para la participación en proyectos de la conservación de ecosistemas críticos y de la creación de nuevas áreas protegidas públicas y privadas.

Para conseguir los objetivos, la Alianza combina sus esfuerzos en el trabajo directo con las comunidades que viven en las áreas de ecosistemas críticos, a través de concesiones y convenios con entidades públicas y privadas de carácter regional, nacional e internacional.