La Sierra Nevada ha despertado interés nacional e internacional por su importancia como enclave único y por su alta biodiversidad, especialmente de la avifauna. En total se registraron 642 especies de aves en los diferentes ecosistemas de la eco-región, que significa 35 % de las especies de aves de Colombia en 1,48 % de la superficie del país.
El macizo Sierra Nevada es el centro de endemismo continental más importante del Neotrópico con 36 especies de aves de rango restringido, 18 de ellas limitadas al Área de Endemismo de Aves Sierra Nevada. Además 55 subespecies dependen totalmente de los bosques premontanos, montanos y de los páramos del macizo en elevaciones arriba de aprox. 900 m.

Resultando de la destrucción inmensa de hábitats naturales la avifauna residente y especialmente la avifauna endémica con distribuciones muy restringidas esta amenazada gravemente. En total 22 especies están incluidas en categorías de amenaza de la Lista Roja Nacional y 18 especies en la Lista Roja Internacional.